Beliau cuba mengubah sistem kesihatan ketika menjadi Wanita Pertama. Sesetangah orang tidak sukakannya kerana perancangan dilakukan secara senyap-senyap tanpa pengetahuan umum. Akhirnya, rancangan pembaharuan ditinggalkan kerana tentangan dari orang ramai.

Satu lagi kontroversi semasa beliau menjadi Wanita Pertama adalah skandal seks Bill Clinton dengan Monica Lewinsky. Saat-saat ini memberi tekanan kepada perkahwinan beliau apabila Bill Clinton terpaksa melalui pendakwaan dan dituduh menipu dalam mahkamah.